画像の出所：https://scitechdaily.com/who-are-the-japanese-new-dna-study-shocks-scientists/
日本に住む3,000人以上のゲノムを調査した研究者たちは、この国の人口の複雑な祖先に関する新たな知見を明らかにしました。
この研究は、今後の精密医療への道を開く可能性もあります。
RIKENの統合医科学センターが主導した遺伝的研究では、日本の人々が3つの祖先集団から派生している証拠が発見されました。
これは、従来の2つの祖先集団に関する理解を覆すものです。
研究者たちは、日本全国から3200人以上のDNAを全ゲノムシーケンシングを用いて解析し、遺伝的変異や北東アジア、特にエミシ人とのつながりを特定しました。
これにより、2021年に提唱された「三元起源説」に信憑性が与えられています。
RIKENの寺尾知佳士氏は、「日本の人口は、思っているほど遺伝的に均質ではありません。私たちの分析では、日本のサブポピュレーション構造を非常に細かく分類することができました。」と述べています。
寺尾氏のチームは、北海道から沖縄までの日本の7つの地域から3200人以上のDNAをシーケンシングすることで結論に達しました。
これは、非欧州系の人口の中では最大規模の遺伝的分析の一つといえます。
研究者たちは、全ゲノムシーケンシングという手法を用いて、個人の完全な遺伝的構成を明らかにしました。
この方法は、これまで広く使用されていたDNAマイクロアレイ法に比べて、約3000倍の情報量を提供します。
寺尾氏は「全ゲノムシーケンシングによって、より多くのデータを見ることができ、より興味深い事柄を見つける助けになります。」と語っています。
影響を与える遺伝子や特定の病気との関連をさらに探求するために、彼と彼の共同研究者たちは得られたDNA情報を疾患診断、検査結果、医療および家族歴に関する情報と組み合わせました。
これらを「日本全ゲノム/エクソームシーケンシングライブラリー（JEWEL）」と呼ばれるデータベースにまとめました。
寺尾氏が特に関心を持っていたのは、希少な遺伝子変異の研究でした。
「私たちは、希少な変異が特定の祖先集団に起源を持つことができ、これが日本国内の微細な移動パターンを明らかにするのに役立つと考えました。」と彼は説明します。
彼らの仮説は的中し、日本の祖先の地理分布を明らかにするのに貢献しました。
たとえば、縄文人に由来する祖先は、沖縄の南部熱帯海岸で最も優勢で（28.5%）、西日本では最低（わずか13.4%）です。
対照的に、西日本に住む人々は、漢民族との遺伝的親和性が高いことが分かりました。
寺尾氏のチームは、これは250年から794年の間に東アジアからの移民の流入に関連していると考えています。
この時期に伴い、中国式の立法、言語、教育システムがこの地域に広く受け入れられました。
一方、エミシ人の祖先は、主に東北地方に見られ西へ行くにつれて減少します。
研究者たちはまた、JEWELを用いてネアンデルタール人やデニソワ人から受け継がれた遺伝子も調査しました。
寺尾氏は「古代のゲノムがどのように現代のヒトのDNA配列に統合され保持されているのかに興味があります。」と述べました。
時には、こうした遺伝子が特定の特性や状態に関連していることもあります。
たとえば、他の研究者たちは、チベットの人々が高所環境に適応する手助けをする遺伝子EPAS1にデニソワ人由来のDNAを持っていることを示しました。
最近では、南アジアの約半数に存在する特定のネアンデルタール由来の遺伝子のクラスターが、COVID-19の重症化リスクと関連付けられました。
寺尾氏のチームによる分析は、現代の日本人に存在する44の古代DNA領域を明らかにし、その多くは東アジア特有のものでした。
特に、NKX6-1遺伝子内に存在するデニソワ人由来の変異は、2型糖尿病に関連しており、セマグルチドという治療薬に対する感受性に影響を与える可能性があると研究者たちは述べています。
また、冠動脈疾患、前立腺癌、リウマチ性関節炎に関連するネアンデルタール由来の11のセグメントも特定されました。
RIKENの研究チームは、遺伝子の変異を通じて病気の原因を解明しました。
例えば、PTPRDという遺伝子のある変異は、「非常に有害」であり、高血圧、腎不全、心筋梗塞に関連している可能性があると、研究の主著者であるリュウ・シャオシー（Xiaoxi Liu）博士は述べています。
さらに、聴覚障害や慢性肝疾患と関連するGJB2およびABCC2遺伝子の欠失変異も有意に報告されました。
遺伝子、変異、それが特性に与える影響や疾患の傾向を解明することは、将来的に個別化医療の発展に寄与する可能性があります。
寺尾氏は「私たちが試みているのは、日本人特有の機能喪失遺伝子変異を見つけ、なぜ彼らが特定の特性や病気を持ちやすいのかを理解することです。」と語っています。
今後、彼はJEWELを拡大し、さらに多くのDNAサンプルをデータセットに追加したいと考えています。
これまで、大規模なゲノム研究は主に欧州系のデータを分析してきました。
しかし、寺尾氏は「アジアの人口にまでこの研究を広げることが非常に重要です。それによって、長期的には私たちの利益にもつながると思います。」と締めくくりました。